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1753年，最早的地衣名稱由著名分類學(xué)家林奈發(fā)表，這標(biāo)志著現(xiàn)代地衣分類學(xué)的開始，盡管當(dāng)時所有的地衣都只有這一名字 ——“Lichen”。

地衣分類學(xué)是在植物及真菌分類學(xué)的基礎(chǔ)上建立的，因此在分類方法上有許多共性。早期地衣分類也主要以形態(tài)學(xué)特征為分類依據(jù)（包括地衣體的顏色、形態(tài)、裂片的有無、粉芽的形態(tài)等等）。在顯微鏡被發(fā)明以后，解剖結(jié)構(gòu)特征逐漸得到重視，特別是子囊頂器的結(jié)構(gòu)，至今仍然是非常重要的分類特征之一。

除了形態(tài)特征的不同之外，地衣含有的次生代謝產(chǎn)物也具有一定的特異性，因此也被運用于分類學(xué)的研究當(dāng)中。1866年，Nylander最早使用顯色反應(yīng)來區(qū)別地衣體所含化合物的不同，這個方法是如此的簡易便捷，以至于一百多年后的今天，對地衣研究者來說它仍然是不可或缺的標(biāo)準(zhǔn)操作。Culberson（1972）則在此基礎(chǔ)上開發(fā)了更為精確的薄層色譜法（TLC），更加準(zhǔn)確的將地衣所含的化合物區(qū)分開來，以此作為一個重要的分類學(xué)依據(jù)。

僅僅依靠外部形態(tài)、解剖與化學(xué)特征，有時候仍然不能很好的區(qū)分地衣物種。隨著各學(xué)科研究的發(fā)展和資料的積累，越來越多的信息被投入到地衣的分類研究當(dāng)中，例如地理分布特征，生態(tài)環(huán)境特征，生長基物特征等等，雖然要在地衣種類間找到合適的特征組合來進(jìn)行劃分，這本身就面臨一些實際的問題，在此不做詳談。

根據(jù)研究資料，有時候某種地衣會出現(xiàn)在全球的各個角落，這并不意味著它一定具有非凡的地理擴(kuò)散能力，而可能只是由于鑒定者僅根據(jù)不同來源的地衣在形態(tài)上的相似而作出了判斷——將它們鑒定為同一種，盡管它們分布在天南海北；地理分布信息在此被忽略了。近期的研究也的確表明，由于人為對物種界線劃分的不當(dāng)，導(dǎo)致一些廣布“物種”的產(chǎn)生。我們因此預(yù)見，在這些廣布物種的“統(tǒng)治”下，還有很多的新物種等待我們?nèi)ァ敖夥拧?。我們對地衣物種的認(rèn)識也因此加深，至少生物地理學(xué)信息已逐漸成為地衣分類的一個重要參考依據(jù)。

近年來分子生物學(xué)的迅速發(fā)展使得分類學(xué)研究擁有了一個全新的有利手段，即通過在生物上提取特異性的DNA片段并進(jìn)行測序比較分析，從而進(jìn)行物種的區(qū)別和分類。很多形態(tài)上很相似的物種也因此被確證為不同的物種。

近期在地衣各個類群的研究當(dāng)中也有很多這樣的例子，如文字衣科、網(wǎng)衣科等。通過這些分子技術(shù)研究，很多地衣分類問題得到澄清，譬如一些“龐雜”的種類被拆分成更可靠的“小”的物種。而且更重要的是，在貌似相同的物種下，原本沒有發(fā)現(xiàn)或被忽視的特征由此得到重視，地衣分類學(xué)研究也因此得到促進(jìn)，僅僅依靠簡單的形態(tài)學(xué)分析的時代已一去不復(fù)返。

分子手段并非“包治百病”，也存在一些實際問題，只有將其與形態(tài)學(xué)、化學(xué)、生物地理等多方面信息進(jìn)行綜合分析，才能夠更加準(zhǔn)確的界定物種，反映更加真實的種間進(jìn)化關(guān)系。

現(xiàn)在世界上已經(jīng)描述的真菌物種有10萬種，但預(yù)測認(rèn)為這個數(shù)量應(yīng)該在150萬種左右，而地衣的研究相對與真菌研究起步較晚，現(xiàn)已描述的種類約為1萬6千種，如果按照真菌的比例來看，地衣實際的物種數(shù)量遠(yuǎn)不止如此，隨著研究手段的不斷更新和研究范圍的不斷擴(kuò)展，必將有越來越多的新物種被我們發(fā)現(xiàn)和認(rèn)識！

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