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三年來，該創(chuàng)新組圍繞真菌的群體遺傳學(xué)、系統(tǒng)學(xué)及生物地理學(xué)等研究方向，對重要經(jīng)濟真菌松茸的群體遺傳學(xué)和冬菇屬的系統(tǒng)學(xué)進行了較為深入的研究。共發(fā)表SCI論文10篇。獲2007年度教育部高等學(xué)校自然科學(xué)獎二等獎（排名第五）。

在構(gòu)建松茸總基因組文庫基礎(chǔ)上，研究組從200余個隨機克隆中分析了72,000余個核苷酸，并從中選取20個適宜的基因片段，設(shè)計了引物，用于對兩個相距350 km的菌株進行擴增和測序，共測10,000 余個堿基。目的在于尋找單核苷酸多態(tài)性（SNPs）在研究松茸群體遺傳結(jié)構(gòu)中的可行性。在上述研究基礎(chǔ)上，利用限制性內(nèi)切酶，對其他31株松茸的SNPs進行了研究。發(fā)現(xiàn)利用單核苷酸多態(tài)性和單倍型對于認識松茸的遺傳學(xué)、種群歷史、生態(tài)學(xué)及進化有較重要的意義。發(fā)現(xiàn)在松茸各居群內(nèi)菌株間有豐富的遺傳差異，居群間有較低但顯著不同的遺傳差異，這種差異與地理距離呈正相關(guān)關(guān)系；松茸的有性繁殖和基因重組對維持松茸居群間的基因交流有重要作用，這提示我們，從保護生物學(xué)角度出發(fā)，采摘時保留一定數(shù)量的成熟個體是必要的，這有利于實現(xiàn)有性繁殖和基因重組。居群間的遺傳差異與海拔高低無關(guān)，中低海拔松樹下的松茸與高海拔高山櫟下的櫟松茸實為同一種，這解決了長期爭論的松茸和櫟松茸的分類學(xué)問題。

過去真菌學(xué)家們一直認為我國冬菇屬只有1種。利用分子系統(tǒng)發(fā)育研究手段，對世界上現(xiàn)知的種類進行了研究，發(fā)現(xiàn)我國有4種，喜馬拉雅-橫斷山可能是除歐洲之外的另一個多樣性中心，淡色冬菇是一個泛北極分布的種，并非泛白令海峽分布種。我國的冬菇與加拿大西海岸的一個居群有較近的親緣關(guān)系，而與歐洲和美國的關(guān)系較遠。這兩項成果都在JCR前15%的刊物上發(fā)表。

該創(chuàng)新組還對鬼筆腹菌、層蘑菇屬等屬真菌進行了研究，發(fā)表10新種及我國的2新記錄屬。