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中國科學(xué)院昆明植物研究所
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科研進(jìn)展

中國科學(xué)院大科學(xué)裝置開放研究項(xiàng)目

—依托種質(zhì)資源庫的植物DNA條形碼研究進(jìn)展

文章來源:  |  發(fā)布時(shí)間:2012-04-28  |  作者:仁宗昕  |  瀏覽次數(shù):  |  【打印】 【關(guān)閉

 

4月20日,中科院組織有關(guān)專家對中國科學(xué)院昆明植物研究所李德銖研究員主持的中國科學(xué)院大科學(xué)裝置開放研究項(xiàng)目—依托種質(zhì)資源庫的植物DNA條形碼研究項(xiàng)目的進(jìn)展進(jìn)行了評議。該項(xiàng)目從2009年開始運(yùn)行,目前已取得下列階段性成果。

通過項(xiàng)目的實(shí)施,聯(lián)合了來自全國22個(gè)科研院所和高校的60余人的植物分類學(xué)研究集體,并依托西南野生生物種質(zhì)資源庫的研究力量,完成了中國維管屬植物62目、273科、1217屬、5131種、17847個(gè)體,近60000個(gè)DNA條形碼的獲取與分析。項(xiàng)目已發(fā)表論文60余篇,其中在PNAS、Plos One、Genome、American Journal of Botany、Journal of Plant Research、Journal of Systematics and Evolution、Taxon、Planta Medica等國際刊物50多篇;國內(nèi)核心期刊10篇;在Journal of Systematics and Evolution上組織出版“Plant DNA barcoding in China”專集,有力地提升我國在植物DNA條形碼研究的國際影響力。

項(xiàng)目組通過對主要來自中國的種子植物75科141屬1757種共約6286個(gè)樣本的4個(gè)DNA候選條形碼片段(rbcL, matK, trnH-psbA和ITS)引物通用性、序列質(zhì)量和物種分辯率等的綜合分析,建議將ITS作為種子植物的核心條碼,同時(shí)強(qiáng)調(diào)了利用多個(gè)樣本取樣和不同遺傳方式的DNA片段開展植物DNA條形碼研究的重要性。研究結(jié)果以“中國植物條形碼研究團(tuán)隊(duì)(China Plant BOL Group)”的集體署名發(fā)表在美國科學(xué)院院刊上。同期的評論性文章認(rèn)為該項(xiàng)工作將DNA序列數(shù)據(jù)納入植物物種水平分類和鑒定常規(guī)應(yīng)用邁出了重要一步。項(xiàng)目組還分別為裸子植物和被子植物新開發(fā)2對matK條碼的通用引物。此外,開發(fā)并篩選出20余對適合蘭花常見品種的SSR分子標(biāo)記;測定了8種山茶屬植物的葉綠體全基因組序列,為基于葉綠體全基因組信息鑒定茶組植物奠定了基礎(chǔ)。

對保存在種質(zhì)資源庫的野生種子利用DNA條形碼進(jìn)行鑒定,通過對87屬274種的條碼數(shù)據(jù)的比較分析,發(fā)現(xiàn)了77種可能鑒定錯(cuò)誤的樣品,為種質(zhì)資源庫種子樣品的準(zhǔn)確鑒定提供了有力的技術(shù)支撐。利用DNA條形碼技術(shù),服務(wù)于司法、醫(yī)院、藥廠和大學(xué)等的相關(guān)部門提供的樣品的準(zhǔn)確鑒定,取得了良好的社會效益。


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