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2010年迄今為止，中國科學(xué)院昆明植物研究所自主部署項目共有26項，2012年6月該所組織專家對26個項目集中進行了中期檢查，其中10個項目執(zhí)行情況被評為優(yōu)秀，其他項目執(zhí)行情況良好。研究所自主部署項目的資助促進了該所優(yōu)秀中青年人才隊伍的建設(shè)，并且取得了較好的研究進展和成果。

獲得優(yōu)秀的項目取得的主要研究成果如下：

1.肖偉烈主持的“五味子科和木蘭科藥用植物的結(jié)構(gòu)新穎化學(xué)成分及生物活性研究”已經(jīng)發(fā)表7篇SCI論文，其中2篇影響因子5以上；

2.普建新主持的“橫斷山區(qū)香茶菜屬植物生物活性成分及其應(yīng)用基礎(chǔ)研究”已對三種高原地區(qū)產(chǎn)的香茶菜屬植物（川藏香茶菜，細(xì)葉香茶菜，腺葉香茶菜）的化學(xué)成分開展了系統(tǒng)性研究，并從中分離得到了272個化合物，其中新化合物139個，并且入選2011年云南省第十四批中青年學(xué)術(shù)和技術(shù)帶頭人后備人才計劃；

3.聶澤龍申請到美國Smithsonian Institution 的博士后獎學(xué)金的資助將對菊科香青和火絨草的進行深入研究；

4.李艷春在研究所自主部署項目“廣義粉孢牛肝菌屬的支系發(fā)生與演化研究”的資助下，發(fā)現(xiàn)一新屬臧氏牛肝菌屬（Zangia Yan C. Li & Zhu L. Yang），并對其中的物種進行了仔細(xì)研究，該屬現(xiàn)知6 種，包括4 新種和2 新組合。研究發(fā)現(xiàn)有的種可能是在東喜馬拉雅-橫斷山抬升中在近期分化出來的，菌根真菌的宿主專一性或偏好及地理隔離可能導(dǎo)致了物種分化；

5.許剛主持的“唇形科鼠尾草屬植物分類學(xué)與植物化學(xué)的綜合研究”主要是對賓鼠尾草（Salvia dugesii）和滇丹參(S. yunnanensis) 進行化學(xué)成分和分類學(xué)進行研究，目前從以上兩種植物中共分離鑒定化合物80多個，其中新化合物15個，并對所得化合物進行了抗腫瘤與昆蟲拒食活性研究，發(fā)現(xiàn)部分化合物活性顯著，目前發(fā)表研究論文2篇，申報專利1項；

6.李愛榮在“中國秋海棠屬植物的系統(tǒng)分類及特色資源的評價和保護”所級項目的資助下，選用了多個秋海棠原種及品種進行了雜交育種研究，獲得了7 個具有多種優(yōu)良性狀的雜交種，目前已經(jīng)通過了新品種鑒定，并就秋海棠新品種培育技術(shù)提交了兩項專利申請；

7.葛再偉主持的“西南真菌資源調(diào)查、代表類群蘑菇科的分類及系統(tǒng)發(fā)育研究”項目目前共采集真菌標(biāo)本1600余份，成功分離菌株50余株，收集分子物種演化及分子系統(tǒng)學(xué)研究材料800余份，并著重對小蘑菇屬及其近緣屬的標(biāo)本進行了研究，發(fā)現(xiàn)我國蘑菇科的3個新記錄屬（海氏蘑菇屬Heinemannomyces疣孢菇屬Verrucospora和小蘑菇屬Micropsalliota）、若干個個新種和新紀(jì)錄種；

8.劉海洋“新型胰島素增敏劑銀線草醇D的構(gòu)效關(guān)系及作用機制研究”已經(jīng)發(fā)表SCI論文2篇,烏藥烷型二聚倍半萜類化合物在治療糖尿病藥物中的應(yīng)用獲得了授權(quán)專利；

9.高連明主持的“杜鵑花屬的系統(tǒng)發(fā)育與物種形成研究”目前已收集國內(nèi)杜鵑花屬材料182種（含變種），1500多份標(biāo)本，植物DNA條形碼評價工作的部分內(nèi)容，文章即將在線發(fā)表在美國國家科學(xué)院院刊“Proceedings of the National Academy of Sciences USA”上（China Plant BOL Group 2011, PNAS doi/10.1073/pnas.1104551108）；

10.曾春霞主持的“筱竹復(fù)合群的系統(tǒng)學(xué)研究”目前已經(jīng)收集筱竹復(fù)合群材料9屬119種4變種，已完成rpl32-trnL、trnT-trnL、ycf4-cemA、trnG-trnT、rps15-ndhF、rbcL-psaI六個葉綠體片段的8屬97種3變種共計150個體的測序工作。

十二五期間，中科院在創(chuàng)新科技活動組織模式方面，建立了由戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專項、重點部署項目和研究所自主部署項目三個層次構(gòu)成、三者間相互銜接的院科技項目體系。自主部署項目原則上由研究所自主布局、自行立項和自我評價，研究所自主部署項目使得研究所有更大的統(tǒng)籌協(xié)調(diào)能力。昆明植物所圍繞研究所重點學(xué)科布局和人才隊伍建設(shè)以及培育新的學(xué)科增長點，通過研究所頂層設(shè)計項目申報領(lǐng)域和方向及申報資格、項目負(fù)責(zé)人自由申報、專家組評議和研究所核定的程序，針對已有較好基礎(chǔ)和積累的重要研究領(lǐng)域部署了相關(guān)項目，特別是針對該所具有發(fā)展?jié)摿Φ?5歲以下的青年骨干和留所博士開展基礎(chǔ)、前沿和交叉學(xué)科的研究工作進行了支持。