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中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所
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昆明植物研究所在甘藍(lán)WRKY基因家族研究中取得新進(jìn)展

文章來(lái)源:種質(zhì)資源庫(kù)  |  發(fā)布時(shí)間:2014-12-23  |  作者:姚秋陽(yáng)  |  瀏覽次數(shù):  |  【打印】 【關(guān)閉

 

  甘藍(lán)(Brassica oleracea是十字花科蕓苔屬植物,其作為人類廣泛食用的蔬菜而具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。甘藍(lán)種內(nèi)形態(tài)差異巨大,有著眾多的品種或變種,如花椰菜(菜花)、結(jié)球甘藍(lán)(卷心菜或包菜)、芥藍(lán)、西蘭花和苤藍(lán)等。然而,甘藍(lán)抗病抗蟲(chóng)能力不強(qiáng),極易受到病菌的感染或昆蟲(chóng)蠶食,制約著甘藍(lán)綠色栽培的產(chǎn)業(yè)化發(fā)展。 WRKY 基因家族是植物前十大蛋白質(zhì)家族之一,大量研究表明, WRKY 基因家族的許多成員參與調(diào)控植物的生長(zhǎng)發(fā)育、形態(tài)建成與抗病蟲(chóng)等。因此,在全基因組水平上研究甘藍(lán)的 WRKY 基因家族具有重要的生物學(xué)意義。 

  中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所中國(guó)西南野生生物種質(zhì)資源庫(kù)植物種質(zhì)資源與基因組學(xué)中心高立志課題組對(duì)結(jié)球甘藍(lán) WRKY 基因家族進(jìn)行了研究。通過(guò)對(duì)其基因組與轉(zhuǎn)錄組的比較分析,鑒定出了148個(gè) WRKY 基因,其中包括37個(gè)新 WRKY 基因;系統(tǒng)發(fā)育和共線性分析均表明甘藍(lán)與擬南芥的 WRKY 基因家族起源于共同祖先,甘藍(lán)和白菜的共同祖先與擬南芥分化后發(fā)生的全基因組三倍化(WGT)事件,使得 WRKY 基因家族在甘藍(lán)和白菜中得以快速擴(kuò)張。WGT 導(dǎo)致的 WRKY 重復(fù)基因丟失率約為 32%,而在基因組水平重復(fù)基因的丟失率約為 60%;表達(dá)譜數(shù)據(jù)顯示大量的 WRKY 重復(fù)基因發(fā)生了表達(dá)分化。上述結(jié)果說(shuō)明,WRKY 基因家族在甘藍(lán)中偏好性地保留并分化出了新的功能,增加了 WRKY 基因家族的多樣化,擴(kuò)張后的 WRKY 基因家族有助于甘藍(lán)形成豐富的多樣性與生態(tài)適應(yīng)。本研究促進(jìn)了對(duì)甘藍(lán) WRKY 基因家族成員的組成、基因組分布、進(jìn)化、基因表達(dá)等方面的認(rèn)識(shí),為將來(lái)進(jìn)一步開(kāi)展 WRKY 基因家族功能研究與分子育種利用奠定了重要基礎(chǔ)。 

  上述研究結(jié)果以 “Genome-wide identification and comparative expression analysis reveal a rapid expansion and functional divergence of duplicated genes in the WRKY gene family of cabbage, Brassica oleracea var. capitata為題在線發(fā)表在 GENE (http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S037811191401378X)。 

圖一:甘藍(lán)、白菜和擬南芥中的WRKY結(jié)構(gòu)域的進(jìn)化分析

圖二:甘藍(lán)WRKY基因在不同組織(根、莖、葉、花苞、花、莢果)中的表達(dá)譜比較

 


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