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科研進展
野生蓖麻基因組揭示蓖麻從樹木到作物的起源和馴化歷史 文章來源:資源植物與生物技術重點實驗室 | 發(fā)布時間:2021-04-20 | 作者:徐偉 | 瀏覽次數(shù): | 【打印】 【關閉】 蓖麻(Ricinus communis)是世界重要的非食用油料作物之一。蓖麻種子富含蓖麻油酸(順式-12-羥基十八碳-9-烯酸, 18C:1OH),在高溫下不易揮發(fā)、低溫下不易凝固,一直是工業(yè)、航空和機械常用的高級潤滑油,也是重要的生物柴油原料,具有重要的經(jīng)濟價值。因為蓖麻適應性強、種植范圍廣,近年來利用邊際土地發(fā)展蓖麻產(chǎn)業(yè)已引起國際上的廣泛關注。 考古學研究發(fā)現(xiàn)人類對蓖麻的利用可追溯到史前時期。從南非山洞(Border Cave,約2.4萬年前)到蘇丹古人類遺跡(~7000年前)的考古研究發(fā)現(xiàn)人類在史前時期就開始利用蓖麻種子,在4000多年古代埃及的法老古墓中發(fā)現(xiàn)了保存完好的蓖麻種子。因為蓖麻種子富含油脂,一般認為人類早期利用蓖麻主要是為了照明。早前研究認為蓖麻存在四個多樣性中心,即東非(埃塞俄比亞和肯尼亞),西亞,印度和中國。東非的蓖麻主要為多年生喬木,西亞的蓖麻主要是多年生灌木,印度和中國的蓖麻多為栽培的或逸生的灌木。長期以來,對蓖麻等非糧作物的栽培起源、群體動態(tài)歷史和重要農(nóng)藝性狀形成的遺傳基礎一直缺乏系統(tǒng)的認識?;诜肿訕擞浀倪z傳多樣性研究,發(fā)現(xiàn)栽培蓖麻的遺傳多樣性低,而且由于人類利用蓖麻的歷史悠久、世界不同地區(qū)對蓖麻的引種多次發(fā)生,栽培蓖麻的遺傳多樣性沒有明顯的地理結構。
由中國科學院昆明植物研究所資源植物與生物技術重點實驗室、中國西南野生生物種質庫和西南林業(yè)大學組成的研究團隊通過對東非(埃塞俄比亞和肯尼亞)喬木蓖麻野生性狀(包括易于炸裂的果實和小的種子等)進行了系統(tǒng)的調查,明確了東非喬木蓖麻為野生蓖麻種質。研究團隊獲得了埃塞俄比亞野生蓖麻高質量的基因組圖譜,通過比較蓖麻和近緣種的基因組發(fā)現(xiàn),蓖麻和山靛所代表的支系大約在48.28百萬年就與大戟科的其它支系發(fā)生了分化。通過對世界廣泛收集的35個國家和地區(qū)的蓖麻種質(包括182個野生蓖麻種質和323個栽培蓖麻種質)進行基因組遺傳變異分析發(fā)現(xiàn),東非野生蓖麻居群遺傳多樣性比其它地區(qū)栽培或逸生蓖麻的遺傳多樣性高,且和栽培蓖麻在遺傳上發(fā)生明顯的分化,然而栽培蓖麻群體沒有表現(xiàn)出明顯的地理結構。這些結果表明,東非可能是蓖麻的起源地,保留了現(xiàn)存的野生種質,而栽培蓖麻是從少數(shù)野生群體馴化而來,隨后在世界多個地區(qū)廣泛引種栽培。
通過對野生蓖麻群體的動態(tài)歷史分析,該研究發(fā)現(xiàn)蓖麻群體在4400至6000年前出現(xiàn)了一次嚴重的瓶頸,導致了有效群體大小發(fā)生了急劇減少。此后,有效群體大小發(fā)生了緩慢的增加,在200至400年前達到最大。野生蓖麻和栽培蓖麻的遺傳分化大約發(fā)生在3200年前,這與古埃及考古研究提出的栽培蓖麻的起源時間大致相同。同時,該研究發(fā)現(xiàn)埃塞俄比亞和肯尼亞野生蓖麻居群在大約7000年前就發(fā)生了一次遺傳上的分化。這次遺傳分化可能與圖爾卡納區(qū)域(Turkana depression)在中更新世發(fā)生的環(huán)境變化有關。大量的證據(jù)表明,在大約6000年前,該區(qū)域遭受了頻繁的極端干旱事件,導致了該區(qū)域湖泊水面的急劇下降、植被巨變和人類的遷徙。
結合ROD 和FST分析方法,鑒定出326個受人為選擇的區(qū)域,包含1220 基因,這些基因功能上主要涉及開花物候調控(如TFL1)、莖木質化調控(如MYB46)和適應性相關通路。該研究發(fā)現(xiàn),調控種子大小相關關鍵基因(如SOD7,TTG2,GW5和ABI5等)受到明顯的人工選擇。對植株高矮、莖粗、莖節(jié)數(shù)以及種子大小和油含量等性狀開展了全基因組關聯(lián)(GWAS)和QTLs分析,鑒別了多個調控蓖麻重要農(nóng)藝性狀的關鍵功能基因。
該研究揭示了蓖麻的栽培起源、居群分化、群體動態(tài)歷史和馴化過程中重要農(nóng)藝性狀形成的分子基礎,對理解蓖麻從多年生樹到單年生油料作物馴化過程中的演化規(guī)律(圖 1)和蓖麻的遺傳育種具有重要的指導意義,而且拓寬了人類關于非糧作物的利用歷史,以及人類活動影響非糧作物馴化的認識。
研究成果以 “Genomic insights into the origin, domestication and genetic basis of agronomic traits of castor bean”為題近日在Genome Biology在線發(fā)表。該研究得到了國家自然科學基金(31661143002,31771839,31970341),中國科學院重大科技基礎設施開放研究項目(2017-LSF-GBOWS-02)和中國科學院青年促進會(2020389)的支持。昆明植物研究所徐偉副研究員為第一作者,西南林業(yè)大學劉愛忠教授和昆明植物研究所李德銖研究員為共同通訊作者,上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司的鮑志貴也參與了該項研究。
圖1 栽培蓖麻的起源和馴化歷史 (責任編輯:李雪)
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