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　　轉(zhuǎn)座子是構(gòu)成基因組重復(fù)序列的主要成分。越來越多的研究表明，轉(zhuǎn)座子在決定基因組大小、基因組結(jié)構(gòu)變異、序列突變、基因丟失、基因融合和新編碼基因的起源方面，都具有重要的生物學(xué)意義。LTR類轉(zhuǎn)座子是植物基因組中占比最高的重復(fù)序列類型，它是逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的一種。然而目前大部分軟件對LTR類轉(zhuǎn)座子僅停留在超科水平（superfamily level），沒有提供更細致的分類，無法反映LTR類轉(zhuǎn)座子的多樣性和進化關(guān)系。 

　　基于此，研究團隊開發(fā)出LTR類轉(zhuǎn)座子更加準確、快速分類的新方法，命名為TEsorter。該方法是以已經(jīng)分類的保守蛋白結(jié)構(gòu)域（數(shù)據(jù)庫來源REXdb或GyDB）為數(shù)據(jù)基礎(chǔ)，采用hidden Markov models (HMMs)方法，對玉米和水稻基因組中轉(zhuǎn)座子，尤其是LTR類轉(zhuǎn)座子進行了準確分類。且大部分LTR類轉(zhuǎn)座子可達到分支水平（clade level），分支水平的分類結(jié)果和基于系統(tǒng)發(fā)育樹的聚類高度一致。同時，通過對比現(xiàn)在常用的5個轉(zhuǎn)座子分類軟件（RepeatModeler, DeepTE, TERL, LTR_retriever 和 LTRclassifier），TEsorter不論在準確率還是運算速度方面，都具有明顯優(yōu)勢。研究成果以TEsorter: an accurate and fast method to classify LTR-retrotransposons in plant genomes為題在線發(fā)表于園藝學(xué)Top 1期刊、中科院1區(qū)期刊Horticulture Research上。 

　　本研究在云南省基礎(chǔ)研究專項重大項目(202101BC070003)、云南省中青年學(xué)術(shù)與技術(shù)帶頭人(2018HB066)的支持下，由中國科學(xué)院昆明植物研究所極小種群野生植物綜合保護研究大團隊馬永鵬專題組、源宜基因張仁綱研究團隊和愛荷華州立大學(xué)區(qū)樹俊研究團隊合作完成。 

　　文章鏈接 

　　圖 (a) TEsorter計算流程; (b) TEsorter與目前5個常用轉(zhuǎn)座子分類軟件(RepeatModeler, DeepTE, TERL, LTR_retriever 和 LTRclassifier)在敏感度、準確率及計算時間等參數(shù)方面的比較；(c-f ) TEsorter分類結(jié)果和基于系統(tǒng)發(fā)育方法對水稻和玉米中的LTR類轉(zhuǎn)座子分類的一致性比較。