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科研進展

昆明植物所在真菌烯化吲哚生物堿的代謝耦合串聯(lián)機制解析中取得進展

文章來源:植物化學(xué)與天然藥物重點實驗室  |  發(fā)布時間:2024-06-24  |  作者:邸迎彤,郝小江  |  瀏覽次數(shù):  |  【打印】 【關(guān)閉

 

Metabolon是代謝途徑中酶與酶形成的臨時的結(jié)構(gòu)-功能復(fù)合體,可增加代謝流,一體化壓鑄目標(biāo)產(chǎn)物。真菌烯化吲哚生物堿結(jié)構(gòu)復(fù)雜多樣,展現(xiàn)出多種顯著的生物活性,是天然產(chǎn)物研究的熱點。其中,具有細(xì)胞毒活性的化合物(+)-notoamide B其非差向異構(gòu)體(+)-versicolamide B共存于多種真菌中。雖然,蘋哪醇重排以及Diels–Alder?加成等步驟被認(rèn)為包含在其生源合成,但它們的順序與機制一直懸而未決。北京大學(xué)深圳研究生院吳云東研究員團隊以及中國科學(xué)院昆明植物研究所植物化學(xué)與天然藥物重點實驗室郝小江研究員團隊合作開展天然產(chǎn)物生物合成機制的研究。日前,兩個團隊合作解析了普遍共存的兩種生物堿的生物合成途徑,提出SpeF/SpeG metabolon?一體化壓鑄notoamide E,?生成?(+)-notoamide B?(+)-versicolamide B?的機制。


圖1?(+)-notoamide B其非差向異構(gòu)體(+)-versicolamide B?的生物合成途徑

研究團隊首先采用antiSMASH工具在赭曲霉基因組中識別出生物合成notoamides的基因簇spe。通過基因敲除、異源重建以及天然產(chǎn)物化學(xué)方法,驗證了spe基因簇編碼的FAD氧化酶SpeFP450氧化酶SpeG,(+)-notoamide E(+)-notoamide B(+)-versicolamide B轉(zhuǎn)化中依次發(fā)揮關(guān)鍵作用(圖1)。通過飼喂實驗以及結(jié)構(gòu)分析,進一步明確了SpeG?的底物是活性環(huán)氧中間體,且其起始氧化位置在C-17,隨后異構(gòu)化為關(guān)鍵的含環(huán)氧的氮雜二烯正離子中間體tau-MA化學(xué)計算和勢能面分析揭示了IEDDAInverse-Electron-Demand Diels-Alder)是構(gòu)建這兩個化合物二氮辛烷結(jié)構(gòu)單元的主要機制。而隨后的環(huán)氧開環(huán),C3-O鍵斷裂比C2-O更有利,這與最終產(chǎn)物結(jié)構(gòu)相吻合。由于這兩個過程能壘較低,產(chǎn)量與計算基本一致研究人員推測這兩個過程并不需要對底物的專一性識別。隨后,研究人員進行了蛋白共定位分析和酵母雙雜實驗,結(jié)果顯示,SpeFSpeG之間可以發(fā)生互作,形成穩(wěn)定的Metabolon,有助于不穩(wěn)定的環(huán)氧中間體在兩個蛋白之間傳遞,驗證了生物合成機制的合理性(圖2)。這一發(fā)現(xiàn)不僅為研究人員深入理解notoamides的生物合成機制提供了新視角,也為未來的合成生物學(xué)和代謝工程研究奠定了堅實基礎(chǔ)。


圖2?SpeFSpeG之間的互作研究

近日,這一成果以Deciphering fungal metabolon coupling tandem inverse-electron-demand Diels-Alder reaction and semipinacol rearrangement for the biosynthesis of fused polycyclic alkaloids?為題在線發(fā)表在化學(xué)國際期刊Science China Chemistry。中國科學(xué)院昆明植物研究所劉帥博士,邸迎彤研究員,以及北京大學(xué)深圳研究生院續(xù)文強博士為論文第一作者,昆明植物研究所植物化學(xué)與天然藥物重點實驗室邸迎彤研究員、郝小江研究員以及北京大學(xué)深圳研究生院吳云東研究員為論文通訊作者。此外,上海交通大學(xué)的唐滿成教授,中國科學(xué)院昆明植物研究所的曹明明研究員、楊俊波研究員、郭晗研究員、曾英研究員、徐梓斐副研究員、陳定康、常耀文、湯紅玉、貴州醫(yī)科大學(xué)天然產(chǎn)物中心苑春茂研究員參與了部分工作。研究得到了國家自然科學(xué)基金(U1812403,2193304,81573323,31770392,22177050)、云南省科技廳項目(202003AD150012,202201AS070040,?202302AA310035)等項目的資助。?

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