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昆明植物所成功解析茶果樟的全基因組

文章來源:昆明植物園  |  發(fā)布時(shí)間:2024-05-06  |  作者:陶麗丹,郭世偉  |  瀏覽次數(shù):  |  【打印】 【關(guān)閉

 

茶果樟(Cinnamomum chago?B.S. Sun et H.L. Zhao)是受國家II級(jí)重點(diǎn)保護(hù)的極小種群野生植物,僅分布于云南省漾濞縣和云龍縣等地。茶果樟的果實(shí)被當(dāng)?shù)厝朔Q為茶果”,具有清熱明目功效,常炒熟后在市場(chǎng)上售賣,是深受當(dāng)?shù)厝讼矏鄣?/span>堅(jiān)果”,有悠久的利用歷史。研究還顯示,茶果樟的果實(shí)含有大量月桂酸和癸酸,具有工業(yè)利用潛力;其樹形優(yōu)美,木材質(zhì)地堅(jiān)硬、有香味,是極具開發(fā)前景的園林綠化和材用樹種。此外,《中國植物志》將中國樟屬植物分為樟組(Sect.?Camphora)和肉桂組(Sect.?Cinnamomum),茶果樟形態(tài)、解剖和分子都介于樟組和肉桂組之間,其系統(tǒng)發(fā)育位置特殊,具有重要的科學(xué)研究價(jià)值。

近日,為開展茶果樟遺傳資源的精準(zhǔn)保護(hù)和特色資源的發(fā)掘利用,依托中國科學(xué)院昆明植物研究所的云南省極小種群野生植物保護(hù)與利用創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)基于HiFi三代測(cè)序、全基因組和轉(zhuǎn)錄組ONT測(cè)序、Hi-C、二代全基因組和二代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序等技術(shù),對(duì)茶果樟進(jìn)行了測(cè)序、組裝和注釋,獲得染色體水平高質(zhì)量全基因組。其基因組大小為1.06Gb,contig N50長度92.10Mb,約99.92%的組裝序列可以定位到12條染色體上(2n=24),組裝結(jié)果僅1個(gè)gap,同時(shí)共注釋發(fā)現(xiàn)30497個(gè)基因,其中28681個(gè)基因?yàn)榈鞍踪|(zhì)編碼基因。


基于該研究結(jié)果,團(tuán)隊(duì)在國際期刊Scientific Data在線發(fā)表了題為Chromosome-level genome assembly of the threatened resource plant?Cinnamomum chago的研究論文,團(tuán)隊(duì)博士研究生陶麗丹和郭世偉為共同第一作者,孫衛(wèi)邦研究員為論文的通訊作者。該研究獲得第二次青藏高原綜合科學(xué)考察研究項(xiàng)目(2019QZKK0502)、云南省野生動(dòng)植物保護(hù)項(xiàng)目(2021SJ14X-10)和國家科技基礎(chǔ)資源調(diào)查專項(xiàng)項(xiàng)目(2017FY100100)的資助。

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